Клетки с моноаллельной экспрессией HLA I класса представляют удобную модель для in vitro исследования иммуногенности неоэпитопов опухолевых белков. Получение таких моделей возможно на основе клеток, негативных по экспрессии эндогенных HLA I класса. Описан эффективный метод элиминации HLA-I в клетках HEK293T с помощью одновременного CRISPR/Cas9-редактирования генов HLA-A, HLA-B, HLA-C с использованием одной направляющей РНК. Важным преимуществом метода является возможность сохранения нередактированного гена HLA-E. Антигенпрезентирующая функция полученных клеток могла быть восстановлена при трансдукции одного аллеля HLA-I. Клетки с моноаллельной экспрессией HLA-A после процессинга эпитопов SARS-CoV2 активировали ограниченный аллелем иммунный ответ лейкоцитов пациентов, перенёсших COVID-19. Таким образом, полученные клетки с нокаутом HLA I класса могут быть использованы для исследования аллельспецифичной презентации неоантигенов.

Cells expressing monoallelic HLA class I represent a convenient model for in vitro studies of the immunogenicity of tumor protein neoepitopes. Such models can be generated using endogenous HLA-Class-I-null cells. In this study, we describe an effective method for eliminating HLA class I in HEK293T cells by simultaneous CRISPR-Cas9 editing of the HLA-A, HLA-B, and HLA-C genes using a single guide RNA. An important advantage of this method is the possibility to maintain the unedited HLA-E gene. The antigen-presenting function of the resulting cells could be restored by transduction of a single HLA class I allele. Cells expressing monoallelic HLA-A, after processing SARS-CoV2 epitopes, induced the allele-specific immune response of leukocytes from patients recovering from COVID-19. Thus, the obtained HLA-Class-I-null cells can be used to evaluate the allele-specific presentation of neoantigens.