Выявление биомаркеров колоректального рака (КРР) остаётся актуальной задачей для диагностики и прогнозирования течения заболевания. Перспективным подходом считается изучение маркеров раковых стволовых клеток. Гликопротеин клеточной поверхности CD44 имеет особое значение для колоректального рака и его раковых стволовых клеток. Альтернативный сплайсинг 9 вариабельных экзонов мРНК CD44 приводит к образованию различных изоформ белка, роли которых в прогрессировании опухолевых заболеваний различны и требуют подробного изучения. Для проведения таких исследований необходимы адекватные модели, отражающие распределение изоформ CD44 в образцах реальных опухолей. Оценивали профиль экспрессии изоформ CD44 в образцах колоректального рака на основе общедоступных данных секвенирования мРНК клинических опухолей пациентов из базы данных TCGA-COAD. Было показано, что нормальные ткани экспрессировали преимущественно изоформы 3 и 4 почти на одном уровне, тогда как опухоли — в основном изоформы 2, 3 и 4, при этом уровень экспрессии изоформы 3 был наиболее высоким. Кроме того, на основе анализа данных секвенирования мРНК для 55 клеточных линий колоректального рака из базы данных CCLE были определены наиболее подходящие клеточные линии для изучения роли CD44.

Detection of colorectal cancer biomarkers (CRC) remains an urgent task for diagnosis and prediction of the disease course. The study of cancer stem cell markers is considered as a promising approach for this. The cell surface glycoprotein CD44 is of specific relevance to CRC and its cancer stem cell. Alternative splicing of 9 variable exons of CD44 mRNA leads to the formation of various isoforms of the protein with different roles in the progression of cancer. Studies of CD44 isoform functions require adequate models reflecting the distribution of CD44 isoforms in real tumor samples. In the present study, the expression profile of CD44 isoforms in CRC was assessed based on the publicly available mRNA sequencing data of patient tumors from TCGA-COAD database. It was shown that normal tissues predominantly expressed isoforms 3 and 4 at nearly equal levels, whereas tumors mainly expressed isoforms 2, 3, and 4 with the major expression of the isoform 3. Further, the most relevant cell lines for studying the role of CD44 in CRC were identified based on the analysis of mRNA sequencing data of 55 CRC cell lines form CCLE database.