Онкология
Гиперметилированные гены длинных некодирующих РНК KCNK15-AS1, MAGI2-AS3 И SSTR5-AS1 при раке яичников и их диагностический потенциал
С.С.Лукина1, А.М.Бурдённый1,2, Е.А.Филиппова1, В.И.Логинов1,3, И.В.Пронина1, Н.А.Иванова1, Ал.Д.Селезнёва1, Ан.Д.Селезнёва1, Н.А.Аржанухина4, Т.П.Казубская4, Н.Е.Кушлинский4, Э.А.Брага1,3 - 333-339
1НИИ общей патологии и патофизиологии, Москва, РФ; 2Институт биохимичес­кой физики им. Н.М.Эмануэля РАН, Москва, РФ; 3Медико-генетический научный центр им. акад. Н.П.Бочкова, Москва, РФ; 4НМИЦ онкологии им. Н.Н.Блохина Минздрава России, Москва, РФ
Определяли новые диагностические маркеры рака яичников на основе анализа аберрантного метилирования группы генов длинных некодирующих РНК (днРНК). Методом количественной метилспецифичной ПЦР с применением непараметрического критерия Манна—Уитни показано значимое (p < 0.01) повышение уровней метилирования трёх генов днРНК (KCNK15-AS1, MAGI2-AS3, SSTR5-AS1) на представительной выборке из 56 клинических образцов рака яичников. Методом количественной ОТ-ПЦР на той же выборке образцов показано значимое снижение экспрессии этих трёх генов днРНК (p < 0.01) и достоверная обратная зависимость между изменениями уровней метилирования и экспрессии (r < -0.5), что подтвердило функциональную значимость метилирования в подавлении их экспрессии в опухолевых тканях. Методом ROC-анализа проведена оценка диагностического потенциала этих генов и показано, что выявление метилирования по крайней мере одного из трёх генов в образцах ДНК ткани позволяет обнаружить рак яичников с чувствительностью 98 % и специфичностью 100 % (критерий > 0, AUC = 0.989). Разработанный набор маркеров может представлять интерес для молекулярной оценки пациентов из группы риска при определении предварительного диагноза, но метод требует верификации на более представительной выборке образцов.
Ключевые слова: рак яичников; длинные некодирующие РНК; ДНК-метилирование; экспрессия; ROC-анализ
Адрес для корреспонденции: burdennyy@gmail.com Бурдённый А.М.
DOI: 10.47056/0365-9615-2025-179-3-333-339
Hypermethylated long non-coding RNA genes KCNK15-AS1, MAGI2-AS3, and SSTR5-AS1 in ovarian cancer and their diagnostic potential
S. S. Lukina1, A. M. Burdenyy1,2, E. A. Filippova1, V. I. Loginov1,3, I. V. Pronina1, N. A. Ivanova1, Al. D. Selezneva1, An. D. Selezneva1, N. A. Arzhanukhina4, T. P. Kazubskaya4, N. E. Kushlinskii4, and E. A. Braga1,3
1Institute of General Pathology and Pathophysiology, Moscow, Russia; 2Emanuel Institute of Biochemical Physics, Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia; 3Research Centre for Medical Genetics, Moscow, Russian;
N. N. Blokhin Russian Cancer Research Center, Ministry of Health of the Russian Federation, Moscow, Russia
Key Words: Ovarian cancer (OC) is characterized by a high mortality rate due to its detection in advanced stages complicated by recurrences. The aim of this study was to identify novel diagnostic markers for OC based on the analysis of aberrant methylation of long non-coding RNA (lncRNA) genes. Using quantitative methylation-specific PCR and the Mann—Whitney U test, a statistically significant increase in methylation levels (p < 0.01) of three lncRNA genes (KCNK15-AS1, MAGI2-AS3, and SSTR5-AS1) was demonstrated in a representative set of 56 clinical OC samples. Quantitative RT-PCR on the same set of samples revealed a statistically significant decrease in the expression levels of these three lncRNA genes (p < 0.01) and a significant inverse correlation between methylation and expression levels (r < -0.5), confirming the functional significance of methylation in suppressing their expression in tumor tissues. ROC analysis was used to evaluate the diagnostic potential of these genes, showing that the detection of methylation in at least one of the three genes in DNA samples could identify OC with 98 % sensitivity and 100 % specificity (threshold >0, AUC = 0.989). The developed marker panel may be of interest for molecular assessment of patients in high-risk groups for preliminary diagnosis, though the method requires validation in a larger sample cohort.