В рамках концепции ВОЗ о геномном эпидемиологическом надзоре разработана панель для ПЦР-идентификации основных эпидемических генотипов M. tuberculosis, циркулирующих на территории Северной Евразии. Апробация проведена на выборке из 590 случайно отобранных штаммов, циркулировавших в Красноярском крае и Иркутской области в 2021–2025 гг. Штаммов семейства генотипов Beijing (L2) было выявлено 308 и 164 соответственно. Идентифицированы генотипы: B0/W148 (197 и 76); Central Asian (85 и 47) и его подтип Central Asian Outbreak (12 и 25); неидентифицированных генотипов (orphans) — 14 и 16. Штаммов семейства генотипов Euro-American (L4) было выявлено 88 и 30 соответственно. Идентифицированы генотипы: Haarlem (9 и 6); LAM (35 и 7); Ural (19 и 5); S (2 и 0); неидентифицированных (orphans) генотипов — 15 и 12. Разработан подход, использующий две ПЦР для дискриминации основного массива штаммов семейства генотипов L2 и L4, охватывающих более 99 % всех штаммов возбудителя туберкулёза в России и других странах Северной Евразии. В рамках разработанного подхода необходимое и достаточное количество ПЦР для генотипирования и углублённого субтипирования штаммов не превышает восьми. Обсуждается целесообразность разработки тестов для дальнейшего субтипирования эпидемических генотипов.

Within the WHO framework of genomic epidemiological surveillance of tuberculosis, we have developed a panel of primers and TaqMan probes for PCR-based identification of SNPs in major epidemiological genotypes of M. tuberculosis responsible for the spread of MDR/XDR strains in North Eurasia. Validation was performed on a dataset of 590 randomly selected strains circulating in Krasnoyarsk Krai and Irkutsk region in 2021–2025. We identified 308 and 164 Beijing (L2) strains in Krasnoyarsk Krai and Irkutsk region, respectively. The identified Beijing (L2) genotypes included B0/W148 (19 and 76); Central Asian (85 and 47) and its Central Asian Outbreak subtype (12 and 25); and orphan L2 genotypes (14 and 16). We also revealed 88 and 30 Euro-American (L4) strains in Krasnoyarsk Krai and Irkutsk region, respectively. The identified L4 genotypes included Haarlem (9 and 6); LAM (35 and 7); Ural (19 and 5); S (2 and 0); and orphan L4 genotypes (15 and 12). We developed an approach employing two PCR to discriminate the principal M. tuberculosis genotype set into L2 and L4 lineages covering over 99 % of all tuberculosis strains circulating in Russia and other North Eurasian countries. Within the proposed framework, the required and sufficient number of PCR for genotyping and in-depth subtyping does not exceed eight. The feasibility of developing tests for further subtyping of epidemiological M. tuberculosis genotypes is discussed.