Для изучения транскриптома единичных опухолевых клеток необходима предварительная пробоподготовка, заключающаяся в получении из ткани клеточной суспензии высокого качества. В настоящей работе проанализированы и отработаны разные методики диссоциации биопсийного опухолевого материала для получения клеточной суспензии с сохранением жизнеспособности не менее 80%. Показано, что оптимальными условиями пробоподготовки являются механическая диссоциация и последующая инкубация с ферментной смесью коллагеназы/гиалуронидазы с добавлением ДНКазы I в течение 60 мин. Таким образом, оптимизирован подход для получения клеточной суспензии, необходимой для проведения РНК секвенирования единичных клеток из биопсийных опухолевых образцов.

An essential requirement for single-cell RNA sequencing in cancer is the preparation of high-quality single-cell suspensions from the tumor tissue. In this work, various methods of tumor biopsy dissociation were analyzed and developed to obtain a cell suspension with at least 80% viability. According to the results, it was shown that the optimal conditions for sample preparation are mechanical dissociation and subsequent incubation with an enzyme mixture of collagenase/hyaluronidase with the addition of DNAase I for 60 minutes. This approach reliably genesis single-cell suspensions from the tumor biopsy tissue with high yield and viability necessary for single-cell RNA sequencing.