Иммунология и микробиология
Индексы альфа-разнообразия как показатели вариативности кишечной микробиоты у подростков разных этносов с ожирением
В работе проведено сравнение индексов альфа-разнообразия кишечной микробиоты подростков с ожирением и нормальной массой тела с учётом этнической принадлежности. Кишечный биоценоз исследовали метасеквенированием ампликоновых библиотек V3-V4 фрагментов гена 16S рРНК. Оценку альфа-разнообразия микробиоты проводили с помощью классических и альтернативных индексов. Статистически значимые различия в кишечной микробиоте наблюдались между русскими с ожирением и бурятами с нормальной массой тела, а также между русскими с ожирением и бурятами с ожирением при оценке индексов Шеннона—Уивера, Chao1, индекса филогенетического разнообразия Фейта, ACE, Фишера, коэффициента Джини, Маргалефа и Менхиника. Показано, что для оценки значимости различий и вариативности кишечной микробиоты при таком многофакторном заболевании, как ожирение, у подростков могут быть использованы индексы альфа-разнообразия, но следует учитывать область применения критериев.
klimenko.elizabet@gmail.com Клименко Е.С.
10.47056/0365-9615-2023-176-11-606-610
Alpha diversity indices as indicators of the variability of gut microbiota in adolescents with different ethnicities and obesity
Alpha diversity indices of the intestinal microbiota of obese and normal weight adolescents, taking ethnicity into account, were compared. Intestinal biocenosis was studied by metasequencing amplicon libraries of V3-V4 fragments of the 16S rRNA gene. The alpha diversity of the microbiota was assessed using classical and alternative indices. Statistically significant differences in intestinal microbiota were observed between Russians with obesity and Buryats with normal body weight, as well as between Russians with obesity and Buryats with obesity when assessing the Shannon—Weaver, Chao1 indices, Faith phylogenetic diversity index, ACE, Fisher, Gini coefficient, Margalef, and Menkhinik indicies. It has been shown that alpha diversity indices can be used to assess the significance of differences and variability of the intestinal microbiota in multifactorial diseases such as obesity in adolescents; however, the scope of application of the criteria should be considered.