Онкология
Отличия в транскриптомных профилях опухолей головного мозга и щитовидной железы с перестройкой генов NTRK
А.А.Кечин1,2, М.А.Корюков1,2, М.А.Смертина1, В.С.Боробова1,2, И.П.Оскорбин1, А.А.Иванов3, С.Ю.Бахарев3, У.А.Боярских1, Н.Е.Кушлинский4, М.Л.Филипенко1 - 91-99
1ФГБУН Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, Новосибирск, РФ; 2ФГАОУ ВО Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, РФ; 3КГБУЗ Алтайский краевой онкологический диспансер, Барнаул, РФ; 4ФГБУ НМИЦ онкологии им. Н.Н.Блохина Минздрава России, Москва, РФ
Известно, что при наличии химерных генов NTRK возможно назначение энтректиниба и ларотректиниба вне зависимости от локализации опухоли. В данной работе проведено сравнение изменений транскрипционной активности генов в опухолях головного мозга (ОГМ) и рака щитовидной железы (РЩЖ) с перестройкой генов NTRK (NTRK+) и без неё (NTRK-) с использованием баз данных The Cancer Genome Atlas (TCGA) и Gene Expression Omnibus (GEO). Выявлено увеличение уровня транскрипции гена JUN в образцах NTRK+ по сравнению с образцами NTRK-: в 1.6 раза для ОГМ (p=0.239) и в 2.5 раза для РЩЖ (p=0.003), а также повышение уровня транскрипции восьми HOX-генов (в 85-725 раз; p<0.05) в образцах ОГМ NTRK+ по сравнению с NTRK-. В образцах РЩЖ NTRK+ количество miR-31 и miR-542 было значимо выше в 3 и 2.5 раза, чем в образцах NTRK-. Для образцов ОГМ NTRK+ количество miR-10b, miR-182 и miR-21 было более чем в 5 раз больше по сравнению с образцами NTRK- (p<0.05). Полученные нами данные отражают отличия в активации транскрипции генов в результате перестройки генов NTRK в ОГМ и РЩЖ.
Ключевые слова: NTRK; рецепторы нейротрофинов; рак щитовидной железы; глиома; опухоли головного мозга
Адрес для корреспонденции: aa_kechin@niboch.nsc.ru Кечин А.А.
DOI: 10.47056/0365-9615-2023-175-1-91-99
Differences in transcriptomic profiles of brain and thyroid tumors with NTRK gene rearrangement
A. A. Kechin1,2, M. A. Koryukov1,2, M. A. Smertina1, V. S. Borobova1,2, I. P. Oscorbin1, A. A. Ivanov3, S. Yu. Bakharev3, U. A. Boyarskikh1, N. E. Kushlinskii4, and M. L. Filipenko1
1Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine, Siberian Division of the Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia; 2Novosibirsk National Research State University, Novosibirsk, Russia; 3Altai Regional Oncological Center, Barnaul, Russia; 4N. N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology, Ministry of Health of the Russian Federation, Moscow, Russia
For tumors with chimeric NTRK genes, entrectinib and larotrectinib can be prescribed regardless of localization. The aim of the study was to compare changes in the transcriptional activity of genes in cerebrum tumors (CT) and thyroid cancer (TC) with rearrangement (NTRK+) and without rearrangement (NTRK-) of NTRK genes. For this purpose, data from TCGA and GEO databases were used. We observed an increase in the amount of JUN mRNA in NTRK+ samples 1.6-fold for CT (p=0.239) and 2.5-fold for TC (p=0.003) compared with NTRK-; an increase in the transcription level of eight HOX genes (by 85-725 times, p<0.05) in samples of NTRK+ CT compared with NTRK-. The amount of miR-31 (3 times) and miR-542 (2.5 times) was statistically significantly higher in the samples of NTRK+ than in the samples of NTRK-. For the NTRK+ CT samples, the amount of miR-10b, miR-182, and miR-21 was more than 5 times greater than in the NTRK- samples (p<0.05).
Key Words: NTRK; neurotrophin receptors; thyroid cancer; glioma; cerebrum tumor