Методики
Оценка преимуществ применения хлорида лития в качестве осаждающего агента при выделении РНК из замороженных сегментов вен
В.А.Короленя1,2, К.А.Гаврилов1,2, К.С.Севостьянова1,2, А.И.Шевела1,2, М.Л.Филипенко1,2, М.А.Сметанина1,2 - 384-389
1ФГБУН Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, Новосибирск, РФ; 2ФГБОУ ВПО Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, РФ
При выделении РНК экстракцией фенол-хлороформом приходится сталкиваться с загрязнённостью образца ДНК, а обработка ДНКазой вносит дополнительную погрешность в анализ экспрессии генов. Оценивали возможность и преимущество использования LiCl в качестве агента осаждения в протоколе выделения РНК [3] из замороженных сегментов вен, исходя из способности LiCl селективно осаждать РНК. Совместное использование LiCl с изопропанолом (в оптимальном соотношении 2.5 М и 40% соответственно) существенно избавляет от негативных последствий использования этой соли — ингибирования обратной транскрипции и низкого выхода РНК.
Ключевые слова: выделение РНК; хлорид лития; изопропанол; селективность осаждения; обратная транскрипция
Адрес для корреспонденции: mariya_smetanina@niboch.nsc.ru Сметанина М.А.
DOI: 10.47056/0365-9615-2022-173-3-384-389
Optimization of the protocol of RNA isolation from frozen vein segments using lithium chloride as a precipitating agent
V. A. Korolenya1,2, K. A. Gavrilov1,2, K. S. Sevost'yanova1,2, A. I. Shevela1,2, M. L. Filipenko1,2, and M. A. Smetanina1,2
1Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine, Siberian Division of the Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia; 2Novosibirsk National Research State University, Novosibirsk, Russia
When isolating RNA by phenol-chloroform extraction, one has to deal with contamination of the sample with DNA, and DNase treatment introduces an additional error in the analysis of gene expression. In this study, the ability and advantage of LiCl using as precipitation agent in protocol for RNA precipitation [3] from frozen segments of large vessels were evaluated due to LiCl able to precipitate RNA selectively. The combined use of LiCl with isopropanol as precipitating agents (optimal ratio 2.5 M and 40%, respectively) significantly eliminates negative effects — reverse transcription inhibition and low RNA extraction.
Key Words: RNA isolation; lithium chloride; isopropanol; precipitation selectivity; reverse transcription