Иммунология и микробиология
Разработка тест-системы для выявления омикрон-варианта SARS-CoV-2 и частота его обнаружения у пациентов
М.Л.Филипенко1, И.П.Оскорбин1, Д.В.Шамовская1, Е.А.Храпов1, А.А.Степанов1, В.В.Романов2, В.В.Кузнецов2, У.А.Боярских1, А.А.Кечин1, Е.В.Печковский4, А.Б.Криворучко5, А.М.Иванов5, Н.Е.Кушлинский3, В.В.Власов1 - 205-211
1Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, Новосибирск, РФ; 2ООО «СКР-Тест»; 3НМИЦ онкологии им. Н.Н.Блохина Минздрава России, Москва, РФ; 4ООО «Современные лабораторные технологии»; 5­ФГБВОУ ВО Военно-медицинская академия им. С.М.Кирова, Санкт-Петербург, РФ
Разработана новая тест-система мониторинга омикрон-варианта SARS-CoV-2 на основе аллель-специфической ПЦР с обратной транскрипцией и определена частота обнаружения этого варианта в образцах SARS-CoV-2-положительных пациентов, проживающих в Новосибирской области. Полученные образцы разделяли на три группы, собранные в период с 1 по 30 декабря 2021 г. (1-я; n=66), с 30 декабря 2021 г. по 10 января 2022 г. (2-я; n=20) и с 11 по 22 января 2022 г. (3-я; n=101). На основе выявления 5 мутаций, специфичных для SARS-CoV-2 (B.1.1.529), разработаны два набора олигонуклеотидных праймеров и зондов для выявления данного генотипа коронавируса в клинических образцах. Предел обнаружения (LOD95) составил 4×103 геном эквивалентов на 1 мл клинического образца для 1-го набора праймеров и 2×103 геном эквивалентов для 2-го набора праймеров. Омикрон-вариант SARS-CoV-2 не был выявлен в 1-й группе образцов, во 2-й группе обнаружен в 20% (4/20) образцов, а в 3-й группе — в 88% образцов, собранных менее чем за 2 нед в январе 2022 г. При использовании разработанных наборов показано, что менее чем за 2 нед омикрон-вариант стал доминирующим у пациентов, что подтверждает ранее опубликованные данные о его исключительной контагиозности.
Ключевые слова: SARS-CoV-2; коронавирус; мутации; омикрон-вариант; аллель-специфическая ПЦР с обратной транскрипцией (АС-ОТ-ПЦР)
Адрес для корреспонденции: mlfilipenko@gmail.com Филипенко М.Л.
DOI: 10.47056/0365-9615-2022-173-2-205-211
Development of a test system to detect the omicron variant of SARS-CoV-2 and the frequency of its detection in patients
M. L. Philipenko1, I. P. Oskorbin1, D. V. Shamovskaya1, E. A. Kharpov1, A. A. Stepanov1, V. V. Romanov2, V. V. Kuznetsov2, U. A. Boyarskikh1, A. A. Kechin1, E. V. Pechkovsky4, A. B. Krivoruchko5, A. M. Ivanov5, N. E. Kushlinsky3, and V. V. Vlasov1
1Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine, Siberian Division of the Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia; 2LLC "SKR-Test" Iskitim, Russia; 3N. N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology, Ministry of Health of the Russian Federation, Moscow, Russia; 4LLC "Modern Laboratory technologies", Novosibirsk region, r.p. Koltsovo, Russia ; 5S. M. Kirov Military Medical Academy, Saint-Petersburg, Russia
The aim of the study was to develop a new test system to detect the omicron variant of SARS-COV-2 using allele-specific reverse transcription PCR and to estimate the frequency of its detection in patients living in the Novosibirsk Region. Clinical samples were divided into 3 groups collected from December 1 to December 30, 2021 (1st; n=66), from December 30, 2021 to January 10, 2022 (2nd; n=20), and from January 11 to January 22, 2022 (3rd; n=101). Results. Based on the identification of 5 mutations specific to SARS-CoV-2 (B.1.1.529), two systems of oligonucleotide primers and probes for detecting this coronavirus genotype in clinical samples were developed. LOD95 was 4×103 genome equivalents per 1 ml of clinical sample for the 1st test system and 2×103 for the for the 2nd test system. The SARS-CoV-2 omicron variant wasn'0t occur in the 1st group of studied samples, but it occurred in 20% (4/20) of the 2nd group samples and reached 88% of the occurrence of the 2nd group samples in less than two weeks of January 2022. Using developed test system, we showed that in less than two weeks the omicron variant has become dominant in patients, which confirms previously published data on its exceptional contagiousness.
Key Words: SARS-CoV 2; coronavirus; mutations; omicron variant, allele-specific reverse transcription PCR (AS-RT-PCR)