Иммунология и микробиология
Онлайн-сервис для автоматизированной интерпретации данных секвенирования и прогнозирования устойчивости к пиразинамиду возбудителя туберкулёза
Пиразинамид играет важную роль в терапии туберкулёза. Однако микробиологический тест на пиразинамид более сложен и менее надежён, чем тест на другие противотуберкулёзные препараты, из-за необходимости выращивания возбудителя при pH 5.5. Выявление мутаций, вызывающих устойчивость к противотуберкулёзным препаратам, может заменить микробиологические методы. Мутации в гене pncA определяют основной механизм устойчивости к пиразинамиду и обнаруживаются более чем в 90% устойчивых штаммов. Однако генетический метод определения чувствительности к лекарственным препаратам весьма сложен, поскольку мутации, приводящие к резистентности пиразинамиду, разнообразны и рассеяны по всему гену. Разработан пакет программ для автоматической интерпретации данных и прогнозирования устойчивости к пиразинамиду по результатам секвенирования по Сэнгеру. Проведено сравнительное исследование эффективности выявления резистентности к пиразинамиду на 16 клинических образцах с использованием автоматизированной системы BACTEC MGIT 960 и секвенирования гена pncA по Сэнгеру с автоматизированным анализом результатов. Показано значимое преимущество разработанного метода перед микробиологическим при однократном исследовании, обусловленное большей надёжностью получения результатов независимо от чистоты полученных изолятов.
obogarkov@sbamsr.irk.ru Огарков О.Б.
10.47056/0365-9615-2022-174-11-580-584
Online service with automated interpretation of sequencing data and prediction of pyrazinamide resistance in tuberculosis
Pyrazinamide plays an important role in the treatment of tuberculosis. However, the microbiological test for pyrazinamide is more complex and less reliable than drug susceptibility testing of other anti-tuberculosis drugs due to the need to grow the pathogen at pH 5.5. Identification of mutations that cause resistance to anti-tuberculosis drugs can replace microbiological methods. Mutations in the pncA gene are responsible for the main mechanism of resistance to pyrazinamide and are found in more than 90% of resistant strains. However, the genetic method for determining drug susceptibility is very complex because mutations leading to pyrazinamide resistance are diverse and scattered throughout the gene. We have developed a software package for automatic data interpretation and prediction of resistance to pyrazinamide based on Sanger sequencing results. A comparative study of the effectiveness of detection of resistance to pyrazinamide in 16 clinical samples was carried out using the BACTEC MGIT 960 automated system and pncA gene Sanger sequencing with automated analysis of the results. A significant advantage of the developed method over a single microbiological study was shown, due to the greater reliability of obtaining molecular results, regardless of tuberculosis strains contamination by other microbes.