Онкология
Аберрантное метилирование 21 гена микроРНК при раке молочной железы: наборы генов, связанных с показателями прогрессии, и система маркеров для прогноза лимфогенного метастазирования
В.И.Логинов1, А.М.Бурдённый1, Е.А.Филиппова1, И.В.Пронина1, С.С.Лукина1, Т.П.Казубская2, А.В.Карпухин3, Д.С.Ходырев4, Э.А.Брага1 - 81-86
1ФГБНУ НИИ общей патологии и патофизиологии, Москва, РФ; 2ФГБУ НМИЦ онкологии им. Н.Н.Блохина Минздрава России, Москва; 3ФГБНУ Медико-генетический научный центр им. акад. Н.П.Бочкова, Москва, РФ; 4ФНКЦ специализированных видов медицинской помощи и медицинских технологий ФМБА России, Москва, РФ
На представительной выборке из 91 парного образца опухолей и гистологически нормальных тканей проводили системный анализ связи уровней метилирования 21 гена микроРНК с показателями прогрессии РМЖ и составили систему маркеров для прогноза метастазирования. Установлена значимая ассоциация гиперметилирования 11 генов с поздними (III-IV) клиническими стадиями, причём для 6 генов (MIR124-1, MIR127, MIR34B/C, MIR9-3, MIR1258, MIR339) определена высокозначимая связь (p≤0.001, FDR=0.01). Для генов MIR9-3 и MIR339 показана связь уровней метилирования с увеличением размера опухолей (p<0.001, FDR=0.01). Связи изменения уровня метилирования исследованных генов микроРНК со степенью дифференцировки не выявлено. Ассоциация с метастазированием в лимфатические узлы установлена для 9 исследованных генов, из которых наиболее значимая связь показана для 6: MIR125B-1, MIR127, MIR9-3, MIR339, MIR124-3 и MIR1258 (p<0.005, FDR=0.05). На основе этих 6 генов методом ROC-анализа составлена система маркеров для прогноза метастазирования РМЖ с чувствительностью 87%, специфичностью 77% и AUC=0.894. Представленная система маркеров может найти клиническое применение в персонифицированном лечении больных РМЖ.
Ключевые слова: рак молочной железы; гены микроРНК; метилирование; прогноз метастазирования
Адрес для корреспонденции: burdennyy@gmail.com Бурдённый А.М.
DOI: 10.47056/0365-9615-2021-172-7-81-86
Aberrant methylation of 21 microRNA genes in breast cancer: sets of genes associated with progression marks and a system of markers for predicting metastasis
V. I. Loginov1, A. M. Burdennyy1, E. A. Filippova1, I. V. Pronina1, S. S. Lukina1, T. P. Kazubskaya2, A. V. Karpukhin3, D. S. Khodyrev4, and E. A. Braga1
1Research Institute of General Pathology and Pathophysiology, Moscow, Russia; 2N. N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology, Ministry of Health of the Russian Federation, Moscow, Russia; 3N. P. Bochkov Medical and Genetic Scientific Center, Moscow, Russia; 4Federal Research Clinical Center of Specialized Types of Medical Care and Medical Technologies, Federal Medical-Biological Agency of Russia, Moscow, Russia
The aim of the present work is to systematically analysing the relationship between the levels of methylation of 21 microRNA genes and the marks of breast cancer progression in a representative sample of 91 paired samples of tumors and histologically normal tissues. Using the nonparametric Mann-Whitney test, a significant association of hypermethylation of 11 genes with late (III-IV) clinical stages was established, and for six genes (MIR124-1, MIR127, MIR34B/C, MIR9-3, MIR1258, MIR339) — highly statistically significant (p≤0.001, FDR=0.01). The association with tumor size was found for 7 microRNA genes and the most significant for MIR9-3 and MIR339 (p<0.001, FDR=0.01); the relationship with the degree of differentiation of these microRNA genes showed the least degree (except for the MIR124-2 gene, p=0.002, FDR=0.05). Association with lymph node metastasis was established for 9 microRNA genes, of which the most significant association was shown for 6 genes: MIR125B-1, MIR127, MIR9-3, MIR339, MIR124-3, and MIR1258 (p<0.005, FDR=0.05). Based on these 6 genes, a marker system for predicting BC metastasis was developed by ROC analysis, which is characterized by a sensitivity of 87% and a specificity of 77% (AUC=0.894); this marker system may have clinical application in the personalized treatment of breast cancer patients.
Key Words: breast cancer; microRNA genes; methylation; metastasis prognosis