Назофарингеальная карцинома является эпителиальной формой рака, ассоциированного с вирусом Эпштейна—Барр (ВЭБ). Несмотря на распространённость назофарингеальной карциномы, почти ничего не известно о связи экспрессии генов с её развитием. Проведён поиск потенциальных генов, вовлечённых в молекулярные механизмы образования назофарингеальной карциномы. Были загружены библиотеки GSE12452, GSE53819 и GSE64634 из базы данных GEO. С применением интерфейса GEO2R для скрининга дифференциально экспрессирующихся генов (ДЭГ) с помощью программ R и LIMMA были получены диаграммы Венна для коэкспрессированных генов. На основе баз данных GO и KEGG установлены ДЭГ с усиленной или уменьшенной экспрессией. С помощью программы Cytoscape построены и проанализированы сети белок-белковых взаимодействий, соответствующие выявленным ДЭГ, после чего гены-хабы проверены на тканевом уровне и в культурах клеток с помощью количественной ОТ-ПЦР. Обнаружено 483 коэкспрессирующихся ДЭГ, включая 258 ДЭГ с усиленной и 225 ДЭГ с уменьшенной экспрессией, которые в основном участвовали в регуляции клеточного цикла, репликации ДНК, а также в образовании и созревании внеклеточных везикул и экзосом. Оказалось, что в нормальных тканях носоглотки снижена экспрессия CDK1, в то время как в тканях опухоли усилена экспрессия PCNA, MAD2L1, PRC1, CENPF и ZWINT. При этом выявлена разница в экспрессии PCNA, MAD2L1 и ZWINT у ВЭБ-положительных и ВЭБ-отрицательных культивируемых клеток назофарингеальной карциномы. Применение биоинформатических методов для выявления и анализа различий в экспрессии генов в нормальной и опухолевой ткани позволит продвинуться в понимании механизмов образования и развития назофарингеальной карциномы.

Nasopharyngeal carcinoma(NPC) is an Epstein—Barr virus(EBV)-associated epithelial cancer, which is endemic in the south of China. However, little is known about the association of genes expression with NPC processes. Our study aimed to uncover the potential genes participating in molecular mechanism of NPC. First, we downloaded GSE12452, GSE53819 and GSE64634 from Gene Expression Omnibus (GEO) database. GEO2R was used to screen out differentially expressed genes (DEGs) by R and limma, thus obtaining co-expressed genes by vene diagram. And we performed GO and KEGG of the up- and down- DEGs. Meanwhile, the protein–protein interaction (PPI) networks of DEGs was constructed by Cytoscape software, followed by qRT-PCR to verify hub genes at the tissue and cellular levels. We found 483 co-expressed DEGs, including 258 up-DEGs and 225 down-DEGs, which mainly participated in cell cycle, DNA replication, extracellular vesicle and exosome. And we detected CDK1 expression was down-regulated in normal nasopharyngeal tissues, while PCNA, MAD2L1, PRC1, CENPF and ZWINT were up-expressed in nasopharyngeal carcinoma tissues. Meanwhile, the expression of PCNA, MAD2L1 and ZWINT exist differences between EBV-positive and EBV-negative nasopharyngeal carcinoma cells. Identifying different gene expression between NPC and normal tissues by bioinformatics analysis, we may do further researches on the molecular mechanism of NPC.