Онкология
Изменение копийности генов в опухолевых клетках и внеклеточной ДНК у больных аденокарциномой лёгкого
Д.С.Кутилин, Т.Г.Айрапетова, П.А.Анистратов, С.П.Пыльцин, И.А.Лейман, Н.С.Карнаухов, О.И.Кит - 731-738
ФГБУ Ростовский научно-исследовательский онкологический институт Минздрава России, Ростов-на-Дону
Изучены изменения относительной копийности генетических локусов в опухолевых клетках лёгкого, извлечённых с помощью лазерной микродиссекции с бесконтактным захватом, и во внеклеточной ДНК плазмы крови больных раком лёгкого для выявления потенциальных молекулярных маркеров. Использовали срезы тканей от 90 пациентов, которые были зафиксированы в формалине и заключены в парафиновые блоки (FFPE), внеклеточную ДНК плазмы крови от 70 пациентов и 30 условно здоровых доноров. Определение числа копий 30 генов (BAX, BCL2, C-FLAR, P53, MDM2, CASP9, CASP3, CASP8, SOX2, OCT4, PIK3, MKI67, HV2, HIF1A1, XRCC1, MMP1, TERT, CTNNB1, KRAS, EGFR, GRB2, SOS1, MAPK1, STAT1, BRAF, FTO, mir3678) и референсных локусов (ACTB, B2M, GAPDH) проводили методом количественной ПЦР в режиме реального времени. Обнаружено изменение копийности генов, ответственных за регуляцию апоптоза (BAX, P53, CASP3), пролиферацию (SOX2), репарацию ДНК (XRCC1), окислительное фосфорилирование (HV2), функционирование сигнального пути EGFR (GRB2, SOS1, MAPK1, STAT1 и BRAF) и изменение копийности mir3678 в опухолевых клетках лёгкого и внеклеточной ДНК.
Ключевые слова: копийность генов, количественная ПЦР в режиме реального времени, апоптоз, аденокарцинома лёгкого, лазерная микродиссекция
Адрес для корреспонденции: k.denees@yandex.ru Кутилин Д.С.
Copy number variation of genes in tumor cells and cell-free DNA in patients with lung adenocarcinoma
D. S. Kutilin, T. G. Airapetova, P. A. Anistratov, S. P. Pyltsin, I. A. Leiman, N. S. Karnaukhov, and O. I. Kit
Rostov Research Institute of Oncology, the Ministry of Health of the Russian Federation, Rostov-on-Don, Russia
The currently known markers of non-small-cell lung cancer do not have high specificity and can not be used in the predictive diagnosis of this disease. Therefore the problem of finding new molecular markers for lung tissues malignancy is relevant. Copy number variation (CNV) of genes, which regulates matrix and non-coding RNA expression, is an effective marker for the malignancy of some human tissues. The aim of study was studying the copy number variation of genetic loci in lung tumor cells (extracted with laser microdissection with contactless capture) and in the cell-free DNA of plasma of patients with lung cancer to identify potential molecular markers. For the study, tissue sections from FFPE-blocks of 90 patients, cell-free DNA of 70 patients and 30 conditionally healthy donors were used. The determination CNV of 30 genes (BAX, BCL2, C-FLAR, P53, MDM2, CASP9, CASP3, CASP8, SOX2, OCT4, PIK3, MKI67, HV2, HIF1A1, XRCC1, MMP1 , TERT, CTNNB1, KRAS, EGFR, GRB2, SOS1, MAPK1, STAT1, BRAF, FTO, mir3678 and reference loci ACTB, B2M, GAPDH) were performed by the Real-Time qPCR method. Copy number variation of genes, responsible for regulation of apoptosis (BAX, P53, CASP3), proliferation (SOX2), DNA repair (XRCC1), oxidative phosphorylation (HV2), working of EGFR signaling pathway (GRB2, SOS1, MAPK1, STAT1 and BRAF) and mir3678 copy number variation in lung cancer cells and cell-free DNA was found.
Key Words: gene copy number variation, real-time qPCR, apoptosis, lung adenocarcinoma, laser microdissection