Предложен и апробирован новый метод селекции генов антибиотикорезистентности бактерий для решения задач, связанных с подбором праймеров для ПЦР-анализа. Метод заключается в кластеризации сходных нуклеотидных последовательностей и подборе групповых праймеров ко всем генам каждого кластера. Проведена кластеризация генов резистентности бактерий к шести группам антибиотиков (аминогликозидам, b-лактамам, фторхинолонам, гликопептидам, макролидам и линкозамидам, фузидиевой кислоте). Апробацию метода проводили для 81 штамма бактерий разных родов, выделенных от пациентов стационара (Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus spp., Streptococcus agalactiae, Enterococcus faecalis, Escherichia coli, Gardnerella vaginalis). Полученные нами результаты сопоставимы с аналогичными при подборе отдельных генов, что позволяет уменьшить количество праймеров, необходимых для максимально полного охвата известных генов антибиотикорезистентности при проведении ПЦР-анализа.