Изучены особенности структурной реорганизации слизистой оболочки мочевого пузыря при хроническом цистите и его коррекции методами озонотерапии. Выявлена взаимосвязь между различными перестройками эпителиального пласта (дистрофия, метаплазия, атрофия), уровнем клеточной пролиферации и ультраструктурной организацией уротелиоцитов. Установлено сочетание выявленного комплекса структурных реакций с дисрегуляцией тканевого кровотока в слизистой оболочке мочевого пузыря по данным лазерной допплеровской флоуметрии. Положительная динамика структурных изменений наиболее выражена при использовании в лечебном комплексе внутрипузырной и в меньшей степени парентеральной озонотерапии, что проявляется в ослаблении признаков воспаления и альтерации при одновременном усилении репаративных реакций. Отличительной чертой парентеральной озонотерапии является достоверное улучшение показателей микроциркуляции слизистой оболочки мочевого пузыря.