Современные оптические методы (мультифотонная и светоплоскостная флюоресцентная микроскопия) позволяют проводить 3D–визуализацию крупных образцов мозга с клеточным разрешением. В связи с этим стала актуальной задача соотнесения полученных трехмерных картин экспрессии трансгенов, белков и других маркеров в мозге с соответствующими структурами в атласе. Такая работа требует фонового окрашивания образцов с помощью морфологических красителей. Однако в настоящий момент методов, позволяющих контрастировать крупные образцы мозга без предварительного секционирования, не существует. В нашем исследовании был разработан метод флюоресцентного окрашивания целых образцов мозга по методу Ниссля. Получены 3D–реконструкции образцов гиппокампа, обонятельных луковиц и коры. Разработанная методика позволяет применять ее для осуществления морфоконтроля и оценки эффектов различных воздействий на мозг с использованием методов трехмерной микроскопии.