При трехмерной реконструкции компактной части черной субстанции мозга крысы, основанной на иммуногистохимической локализации тирозингидроксилазы — маркера дофаминовых нейронов, выделили 3 клеточных отдела, отличавшихся размерами и соотношением нейронов. В самом большом по объему (75%) дорсальном отделе нейроны, содержавшие дофамин, преобладали над не содержавшими его нейронами (1.45:1), а в небольших отделах — латеральном и вентральном — наблюдали обратную зависимость клеточных соотношений: 0.54:1 и 0.78:1 соответственно. Результаты морфометрии позволили охарактеризовать компактную часть черной субстанции не только как структуру, состоящую из нескольких отделов, но и построенную в виде ярусов, и показать различия между нейронами как разных отделов, так и между слоями одного отдела. Выявленная морфохимическая гетерогенность компактной части черной субстанции может способствовать лучшему пониманию избирательного поражения ее структур при паркинсонизме.