Изучена динамика метаболических путей микробиоты кишечника мышей с химически индуцированным колитом. Колит моделировали пероральным введением 2,5 % декстрансульфата натрия. На 14-е и 60-е сутки проводили 16S ампликонное секвенирование, PICRUSt2 и гистологию. В подострую фазу (14-сутки) выявлено 17 изменённых путей, рост Proteobacteria и Verrucomicrobia, снижение Coriobacteriaceae, усиление обмена аргинина, орнитина и пролина, анаэробного брожения и синтеза гема. В хроническую фазу (60-е сутки) выявлен 131 сдвиг, частичное восстановление альфа-разнообразия, активация гликолиза, глюконеогенеза, молочнокислого брожения, биосинтеза аминокислот, нуклеотидов, липидов и коферментов, снижение окислительной ветви пентозофосфатного пути и ацетил-КоА пути. Общим оставался сдвиг аргинин-орнитин-пролинового обмена. Рост утилизации глицерина на 60-е сутки указывает на переход микробиоты к продуктам распада тканей хозяина.

The dynamics of gut microbiota metabolic pathways were investigated in a mouse model of chemically induced colitis. Colitis was modeled via oral administration of 2.5 % dextran sulfate sodium (DSS). On days 14 and 60 post-induction, 16S rRNA amplicon sequencing, PICRUSt2 functional prediction, and histopathological analysis were performed. In the subacute phase (day 14), 17 altered pathways were identified, including an increase in Proteobacteria and Verrucomicrobia, a decrease in Coriobacteriaceae, and the upregulation of arginine, ornithine, and proline metabolism, anaerobic fermentation, and heme synthesis. In the chronic phase (day 60), 131 metabolic shifts were detected, 131 metabolic shifts were detected, 131 metabolic shifts were detected, accompanied by a partial recovery of alpha diversity, the activation of glycolysis, gluconeogenesis, lactic acid fermentation, and the biosynthesis of amino acids, nucleotides, lipids, and coenzymes, alongside a downregulation of the oxidative branch of the pentose phosphate pathway and the acetyl-CoA pathway. Alterations in arginine-ornithine-proline metabolism were common to both phases. Enhanced glycerol utilization on day 60 suggested a metabolic shift of the gut microbiota toward utilizing host-derived tissue breakdown products.